マグロの生息地は種類ごとに違いますが、基本的に海水温が高い北半球の温暖な地域に多く生息しています。マグロの生息地は世界中に分布しているので、太平洋の他にアフリカや南米まで遠洋漁業で漁獲されています。
一番サイズが大きくて高価な本マグロ(クロマグロ)の生息地は、日本近海・地中海・大西洋の北西部などの北半球の温暖な地域です。日本の近海の他に、アメリカ西海岸沖や地中海などで漁獲されます。
クロマグロに次いでサイズ大きくて高級なインドマグロ(ミナミマグロ)の生息地は南緯30度以南の南半球で、オーストラリア・ニュージーランド・ケープなどで生息しています。この種類は赤道付近から南半球のエリアでしか獲れないので、遠洋漁業で南太平洋・豪州・インド洋・南太平洋まで行かなければなりません。ちなみにオーストラリアでは、養殖も行われています。
スーパーなどで刺身用のマグロとして販売されているメバチマグロとキハダマグロの生息地は、熱帯から温帯にかけてエリアです。基本的に世界中に幅広く分布しており、特に赤道に近いエリアに多く生息しています。いずれも赤道付近や南米・インド洋・南大西洋などのように、日本から遠く離れた海域で漁獲されます。
缶詰や回転寿しのネタ(ビントロ)などに使用されるビンチョウマグロの生息地は世界中の温暖な地域です。ビンチョウマグロは主に日本とグアム・サイパン・ハワイにかけての太平洋で漁獲されています。